在男婴出生时绝大多数睾丸已降至阴囊内，未下降的也多于生后一年内自行下降至阴囊，而睾丸最终仍不能下降至阴囊内则形成隐睾。成年男子隐睾的发生率为0.3％～0.7％。在未下降的睾丸中，约有25％停留于腹膜后或腹腔内，75％停留于腹股沟管内，发生于右侧占50%，左侧占30%，双侧占20%。
阴囊内温度比体腔温度低是生精的必要条件，如果睾丸不降入阴囊而停留在身体的其他部位，导致睾丸温度升高，引起睾丸发育不全或萎缩，其生精作用就会受到影响，使精液质量严重下降甚至根本无精子，或者全是死精，因而双侧隐睾患者绝大多数无生育能力。即使是单侧隐睾，已下降的一侧睾丸的发育也未必正常，也可因隐睾破坏健侧睾丸或产生抗精子抗体，而影响生育能力。至于某个具体的单侧隐睾患者是否具有生育能力，只有通过精液检查才能初步判定。
隐睾的病理改变从2岁就开始了，主要造成曲细精管的异常，对间质细胞影响较小。病变程度由轻至重为：曲细精管内有生精细胞，但生精过程微弱，管腔内精子很少；部分曲细精管内仅有支持细胞，无生精细胞，部分管腔内有生精细胞，但无生精过程；曲细精管细小，固有膜增厚，只有支持细胞，无生精细胞。成年隐睾的病变往往可累及整个睾丸组织，年龄越大，位置越高，睾丸的病变也越严重，表现为精原细胞和支持细胞发生退行性改变，生精上皮极度紊乱。